Comando General FAE
Inicialmente funcionó donde hoy en día son las instalaciones del Ministerio de Defensa, y posterior por la necesidad de mantener una infraestructura propia, en donde se encuentren las Directorias y Comandancia General, en el año de 1979 se inicia la construcción de este edificio, esta estructura orgánica es fundamental en la misión que cumple día a día la Fuerza Aérea ya que permite tener el control, la supervisión y la obtención de resultados que cada una de las directorias que maneja y que a su vez controla a los repartos operativos y administrativos.
Comando de Operaciones Aéreas y Defensa
En el año 2006, el Ministerio de Defensa inicia la reestructuración de las Fuerzas Armadas del Ecuador, mediante Registro Oficial No. 023 y 024-R, de fecha 12 de julio de 2007, el Ministerio de Defensa Nacional expide el acuerdo No. 01 en el que se crea el Comando de Operaciones Aéreas y Defensa en reemplazo del Comando Aéreo de Combate, mediante este gran comando se planifican y conducen las operaciones aéreas de seguridad y apoyo al desarrollo. todo esto es posible, gracias a la pericia y profesionalismo del personal militar que conforma esta unidad élite de la Fuerza Aérea Ecuatoriana.
Comando de Educación y Doctrina Militar Aeroespacial
Mediante Registro Oficial No. 023 y 024-R, de fecha 12 de julio de 2007, el Ministerio de Defensa Nacional expide el acuerdo No. 01 en el que se crea el Comando de Educación y Doctrina Militar Aereoespacial en reemplazo del Comando Aéreo de Transportes y Dirección de Operaciones, cuyo objetivo principal es participar en el desarrollo de las capacidades militares aéreas mediante la formación, perfeccionamiento, especialización y capacitación para el desarrollo del talento humano, así como la actualización de la doctrina aeroespacial a fin de contribuir a la defensa de la soberanía y la integridad territorial y con su contingente apoyar al desarrollo nacional y de seguridad pública y del estado.