El personal militar de la Base Aérea Galápagos realiza operaciones militares de control de armas, municiones y explosivos (CAMEX) en apoyo a la Policía Nacional del Ecuador y seguridad de hidrocarburos en el cantón Santa Cruz, con el objetivo de mantener la seguridad y garantizar los derechos de los ciudadanos.
Las acciones ejecutadas contribuyen al cumplimiento de la misión institucional y la protección de los recursos del estado. El personal FAE que participa de estas misiones se entrena constantemente y se capacita antes de salir a realizar los operativos en distintos puntos del país.