El personal militar de la Base Aérea Galápagos realiza operaciones militares de control de armas, municiones y explosivos (CAMEX) en apoyo a otras entidades del Estado, con el objetivo de brindar seguridad y mantener el orden.
Además de realizar operativos de seguridad hidrocarburífera en el cantón Santa Cruz, con el propósito mantener la seguridad y garantizar su buen uso.