El personal militar de la Base Aérea Galápagos realiza de forma permanente operaciones militares de seguridad hidrocarburífera, control de armas, municiones y explosivos (CAMEX), en apoyo a otras instituciones del Estado, en el cantón Santa Cruz, con el propósito mantener la seguridad y garantizar los derechos humanos de la ciudadanía.
Las Unidades FAE establecidas en varias regiones del país reciben entrenamiento constante para realizar estas operaciones que apoyan al cumplimiento de la misión institucional.